Ryougi Shiki, un adolescente que tras despertar de un coma de dos años, producto de un accidente de tránsito, descubre que posee el increíble don de ver la muerte en todo ser vivo debido a los chokushi no magan, unos ojos capaces de percibir la muerte de todas las cosas. Pero siente haber perdido algo a cambio de ese poder. Todo niño nacido en la familia Ryougi (ya que por lo general nacen siempre varones) son entrenados en diversas disciplinas para que logren dividir su personalidad y así formar una clan de seres humanos superiores. Así, todo miembro de la familia posee una personalidad masculina y otra femenina, las cuales utilizan según la ocasión que se les presenta. Luego de despertar, Shiki siente que su personalidad masculina ha muerto en él, lo que le lleva a sustituir la muerte espiritual de esa personalidad por el tono masculino que poseerá en toda la historia. Un mundo tenebroso, donde el cuchillo de Shiki atraerá los reflejos de muchos misterios.