En 1999 una nave de batalla extraterrestre de dimensiones colosales se estrelló en la Tierra y trajo consigo una tecnología superior. Dicha tecnología lideró el comienzo de una guerra entre las Naciones Unidas y la alianza Anti-Naciones Unidas. Ocho años después, muchos pilotos veteranos se perdieron uno tras otro, así que incluso los chicos en su adolescencia fueron arrastrados al campo de batalla para pelear en la guerra.

Shin Kudo, un joven piloto de F14 de las Naciones Unidas, y principal personaje de la historia, es derribado por una aeronave enemiga desconocida durante una batalla, cayendo en una isla solitaria.

En ese momento, una inusual reacción de energía se detectó en la isla, y dicha reacción pudo originarse debido a la tecnología superior traída por los extraterrestres mucho tiempo atrás. Este hallazgo tecnológico es muy similar a los restos recuperados de la fortaleza espacial caída ocho años atrás. Ahora, ambos bandos invadirán la isla con la intención de recuperar la tecnología que ella encierra. 

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